Mua giải 2012-2013

Mặc dù đá chính trận mở màn mùa giải 2012–2013 gặp Everton, Rooney được tung vào sân từ băng ghế dự bị ở trận thứ hai gặp Fulham để nhường chỗ cho tân binh Robin van Persie. Sau khi vào sân thay Shinji Kagawa ở phút 68, Rooney bị một vết thương nặng ở chân phải do Hugo Rodallega của Fulham gây ra khiến anh phải nghỉ thi đấu 4 tuần. Rooney đã trở lại vào ngày 29 tháng 9 trong trận thua 3–2 trước Tottenham. Rooney ghi bàn thắng đầu tiên trong mùa giải trong chiến thắng 4–2 trên sân nhà trước Stoke City vào ngày 20 tháng 10, nơi anh có bàn thắng thứ 200 cho câu lạc bộ.

Rooney ghi bàn thắng đầu tiên trong mùa giải tại Champions League , ghi một quả phạt đền trong chiến thắng 3-1 trước Braga. Anh ghi hai bàn và kiến tạo trong chiến thắng 4–3 trước Reading vào ngày 1 tháng 12. Anh lập một cú đúp trong trận derby Manchester tại Sân vận động Thành phố Manchester vào ngày 9 tháng 12 năm 2012 mà United thắng 3–2. Cầu thủ tiếp tục ghi bàn vào lưới West Ham ở FA Cup. Hai tuần sau, anh ghi hai bàn trong chiến thắng 2-1 trước Southampton. Anh tiếp tục ghi bàn trong các trận liên tiếp tại FA Cup trước Fulham và Chelsea.